Phụ lưu quan trọng nhất của Krishna là sông Tungabhadra, tạo thành bởi sông Tunga và sông Bhadra khởi nguồn từ Ghat Tây. Các phụ lưu khác bao gồm sông Kudali, sông Venna, sông Koyna, sông Bhima, sông Malaprabha, sông Ghataprabha, sông Yerla, sông Warna, sông Dindi, sông Paleru, sông Musi, sông Urmodi (उरमोडी नदी), sông Tarli (तारळी नदी) và sông Dudhganga.

Các sông Venna, Koyna, Vasna, Panchganga, Dudhganga, Ghataprabha, Malaprabha và Tungabhadra hợp dòng vào Krishna từ bờ hữu; trong khi sông Yerla, Musi, Maneru và Bhima hợp dòng vào Krishna từ bờ hữu. Sông Urmodi (उरमोडी नदी) hợp dòng vào Krishna tại Kashil (काशीळ), Satara và sông Tarli (तारळी नदी) hợp dòng tại Umbraj (उंब्रज) Satara. Sông Kudali là phụ lưu đầu tiên của sông Krishna và hợp dòng tại Khadaki.

Có ba phụ lưu nhập vào Krishna gần Sangli. Sông Warana hợp với Krishna gần Sangli tại Haripur. Điểm này cũng được gọi là Sangameshwar. Sông Panchganga hợp vào Krishna tại Narsobawadi gần Sangli. Các địa điểm này rất linh thiêng. Người ta nói rằng Dattatraya đã giành một vài ngày của ông tại Audumber bên bờ sông Krishna. Sangameswaram của quận Kurnool thuộc bang Andhra Pradesh là một trung tâm hành hương nổi tiếng với các tín đồ Ấn Độ giáo, đây là nơi các sông Tungabhadra và Bhavanasi hợp vào Krishna. Đền Sangameswara nay đã bị hồ chứa Srisailam làm ngập và chỉ có thể trông thấy khi mực nước hồ chứa hạ thấp.